Shotgun-NGS (Bakterien und Pilze, speziesübergreifend)

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• Material

  siehe Präanalytik

• Methode

  next generation sequencing

• Dauer

  4-8 Tage

• Akkreditiert

  Nein

• Praeanalytik

  Untersuchungsmaterial:

  • Bakterien- und Pilzisolate
  • Positive Blutkulturen
  • Liquor
  • Punktate, Sekrete
  • respiratorische Materialien
  • OP-Materialien (Biopsien, Abstriche, Punktate),
  • ZNS-Punktate/Biopsien
  • Wundabstriche
  • Gewebe
  • ophthalmologische Proben (z.B. Hornhautabstriche/Biopsien, Vorderkammerpunktat, Kontaktlinsen)
  • Sonikate
  • Urin
  • Hautbiopsien
  • EDTA-Blut
  • Haare/Nägel, Hautschuppen

  Probenmenge:

  • Flüssigkeiten (möglichst 250 µL)
  • Gewebestücke mit einer Größe ab wenigen Millimetern
  • Abstrichtupfer mit flüssigem Transportmedium, das für molekularbiologische Anwendungen geeignet ist (keine Agar Gel-Tupfer)

• Bewertung

  Die Sequenzen werden gegen eine Datenbank abgeglichen. Die Angabe der Anzahl der Sequenzreads pro Spezies ermöglicht eine grobe Abschätzung der relativen Mengenverhältnisse. Relevanz wird in Abhängigkeit der Spezies, der Menge und des Materials individuell abgeschätzt.

• Durchfuehrung

  2x/Woche