1. Bakterien und Pilze allgemein: Erreger und Resistenz

Mikroskopie, biochemische Differenzierung, MALDI TOF, Sequenzierung

Durchführung für pathogene Mikroorganismen. Keime der physiologischen Standortflora, der Ersatzflora oder von Kontaminanten werden nicht differenziert bzw. nicht auf dem Befund angegeben.

Untersuchungsmaterial:
Bakterien- oder Pilzisolate

tägliche Durchführung

Probenmenge:
wenige Kolonienen

Dauer der Untersuchung:
Massenspektrometrie: ca. 30 Minuten
Biochemische Diff.: 10-18 Stunden

Abhängig vom Entnahmeort werden pathogene Bakterienspezies und Pilze für die weitere Testung angezüchtet. Standortflora wird in der Regel nicht weiter untersucht.

Verdacht auf eine Infektion durch Bakterien oder Pilze

Probenmaterial und Probenmenge:
Abstriche, Sekrete, Urin, Punktate, Gewebe, Blutkulturen

Sekrete: 1-20 ml; Urin; 1-50 ml; Blutkulturflaschen: 5-10 ml Blut oder Punktat, Nativpunktate: 1ml

Gewebeproben: in sterilem Gefäß, ggf. mit einigen Tropfen NaCl befeuchten. Proben sollten nach Gewinnung so rasch wie möglich kulturell angelegt werden. Bei Standzeiten von >2h sind quantitativen Angaben der Erreger nicht mehr verlässlich. Empfindliche Erreger wie N.meningititis oder H.influenzaesind nach längeren Standzeiten ggf. nicht mehr kultivierbar.

In Urin und bronchioalveolärer Lavage erfolgen Mengenangabe relevanter Mikroorganismen in Zehnerpotenzen, in sonstigen Materialien semiquantitativ.

Anlage des Materials erfolgt am Tag der Einsendung bis 19:00. Bis zum ausreichenden Wachstum von Bakterien oder Pilzen vergehen in der Regel mindestens 12-18 Stunden, in Abhängigkeit von der Spezies auch bis zu mehreren Tagen. Bei Subkulturen aus positiven Blutkulturflaschen kann bereits nach 4 Stunden per Massenspektrometrie eine Differenzierung durchgeführt werden.

Die Indikation muss im Vorfeld abgesprochen werden.

Eine standardisierte Bewertung ist auf der Basis des aktuellen Wissens nicht möglich.

nach Absprache

Färbung nach Gram für die Darstellung von Bakterien und Sprosspilzen

Verdacht auf eine invasive Infektion durch Pilze

Probenmaterial:
Biopsien, Punktate, intraoperativ gewonnenes Material, respratorische Sekrete

Bei den genannten Probematerialien ist die Gramfärbung Teil der Standarddiagnostik und muss nicht gesondert angefordert werden

Probenmenge:
Für die Mikroskopie reichen bereits Gewebestücke mit einer Größe von wenigen Milimetern und Flüssigkeiten von 50-100ml

Semiquantitative Mengenangabe von Bakterien, Pilzen, Leukozyten und Erythrozyten

Durch die mikroskopische Untersuchung kann eine erste Aussage zur vorliegenden Menge und die Differenzierung zwischen Gramnegativen und grampositiven Bakterien gemacht werden. Valide Aussagen zur Spezies sind nicht möglich.

Färbung nach Gram für die Darstellung von Bakterien und Sprosspilzen

Verdacht auf eine Infektion durch Bakterien oder Pilze

Probenmaterial:
Biopsien, Punktate, intraoperativ gewonnenes Material, respratorische Sekrete

Bei den genannten Probematerialien ist die Gramfärbung Teil der Standarddiagnostik und muss nicht gesondert angefordert werden

Probenmenge:
Für die Mikroskopie reichen bereits Gewebestücke mit einer Größe von wenigen Milimetern und Flüssigkeiten von 50-100ml

Semiquantitative Mengenangabe von Bakterien, Pilzen, Leukozyten und Erythrozyten

Durch die mikroskopische Untersuchung kann eine erste Aussage zur vorliegenden Menge und die Differenzierung zwischen Gramnegativen und grampositiven Bakterien gemacht werden. Valide Aussagen zur Spezies sind nicht möglich.

täglich

Verdacht auf eine Infektion durch Bakterien in primär sterilen, kulturnegativen Materialien. Differenzierung von kultivierten Bakterien, die biochemsich oder massenspektrometrisch nicht differenzierbar sind.

Probenmenge:
Einzelkolonie eines Bakterienisolats oder Gewebestücke mit einer Größe ab wenigen Milimetern und Flüssigkeiten ab 50-100ml

Untersuchungsnethode:
Die Untersuchung mittels Sequenzierung ist sinnvoll, wenn die Differenzierung eines Bakterienisolats aus einem primär sterilen Material biochemisch oder massenspektrometrisch nicht gelingt.

Aus primär sterilem Material, aus dem keine Keime kultiviert werden konnten, kann die Sequenzierung zum Erregernachweis führen.

Die Sequenzen werden gegen eine Datenbank abgeglichen. Die Menge wird als Anzahl der sequenzierten 18S Abschnitte (Reads) auf dem Befund angegeben. Relevanz wird in Abhängigkeit der Spezies, der Menge und des Materials individuell abgeschätzt.

1x/Woche

Verdacht auf eine Infektion durch Pilze in primär sterilen, kulturnegativen Materialien

Probenmenge:
Einzelkolonie eines Bakterienisolats
Gewebestücke mit einer Größe ab wenigen Milimetern und Flüssigkeiten ab 50-100ml

Aus primär sterilem Material, aus dem keine Keime kultiviert werden konnten, kann die Sequenzierung zum Erregernachweis führen.

Die Sequenzen werden gegen eine Datenbank abgeglichen. Die Menge wird als Anzahl der sequenzierten 18S Abschnitte (Reads) auf dem Befund angegeben. Relevanz wird in Abhängigkeit der Spezies, der Menge und des Materials individuell abgeschätzt.

nach Absprache

Die Auswahl der Methode ergibt sich im Untersuchungsgang. Standardmethode ist die MHK-Bestimmung mittels Vitek2. Je nach Spezies und Resistenzlage werden alternative bzw.  zusätzliche Tests durchgeführt.

Durchführung für pathogene Mikroorganismen. Keime der physiologischen Standortflora, der Ersatzflora oder von Kontaminanten werden nicht gestestet.

Probenmenge:
wenige Kolonien

Bewertung nach dem jeweils auf dem Befund angegebenen EUCAST Standard

tägliche Durchführung

12-24 Stunden ausgehend von einem kultivierten Isolat