Andere Erkrankungen/Sonstiges

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Metodik:
Die Chimärismusanalyse erfolgt mittels paralleler PCR-Untersuchung von 16 polymorphen short tandem repeats (STR). Diese STRs weisen einen hochgradigen Längenpolymorphismus auf. Die Detektion erfolgt auf einem Sequenzer mittels Fragmentlängenanalyse.

Als Chimärismus-Analyse bezeichnet man die quantitative Messung des Anteils an Spender- und Empfänger-Hämatopoese nach einer allogenen Stammzell- oder Knochenmarktransplantation. Typischerweise erfolgt diese Analyse an Tag 30 (1 Monat), Tag 100, Tag 180 (halbes Jahr) und Tag 365 (ein Jahr) nach allogener Transplantation, bei entsprechender klinischer Indikation auch zu anderen Zeitpunkten. Durch Chimärismus-Analyse verschiedener Zellfraktionen („sortierter Chimärismus“, z. B. CD19+, CD34+) lassen sich u. U. verfeinerte Aussagen machen.

Bitte unterschriebene Einverständniserklärung zur Durchführung von genetischen Untersuchungen und ggf. zur Aufbewahrung von Probenmaterial in einer Probenbank (Link) beifügen. Diese Einverständniserklärung ist auch Bestandteil der Anforderungsscheine (Link).

Ziel ist das Erreichen eines 100%igen Spender-Chimärismus (kein Nachweis von Empfänger-Hämatopoese mehr). Ein Abfall des Chimärismus auf Werte unter 100% oder ein Nicht-Erreichen der 100%-Marke kann ein Hinweis für ein Rezidiv oder ein Transplantatversagen sein. Falls ein geeigneter  molekularer Marker für die quantitative Messung von minimaler Resterkrankung (MRD) existiert, sollte die Chimärismus-Analyse immer durch diese MRD-Untersuchungen ergänzt werden, da damit in der Regel eine höhere Sensitivität erzielt werden kann.

1-2x/Woche o. Bedarf

Das Enzym Dihydropyrimidin-Dehydrogenase (DPYD oder auch DPD) hat eine physiologische Funktion im Katabolismus der Pyrimidinbasen Uracil und Thymin.
DPYD katalysiert die Hydrierung von Uracil und Thymin zu 5,6-Dihydrouracil bzw. zu 5,6-Dihydrothymin. Diese beiden Produkte werden durch die Enzyme Dihydropyrimidinase (DPYS) und beta-Ureidopropionase (UPB1) zu beta-Alanin bzw. beta-Aminobuttersäure hydrolysiert, decarboxyliert und desaminiert.
DPYD ist das geschwindigkeitslimitierende Enyzm nicht nur beim Abbau der physiologischen Basen Uracil und Thymin, sondern auch beim Abbau des Pyrimidinanalogons 5-Fluorouracil (5-FU).
Bei DPYD sind Polymorphismen bekannt, die die Enyzmaktivität negativ beeinflussen. Solche Polymorphismen sind klinisch relevant, da Patienten mit einer derartigen Enzymausstattung unter Umständen eine deutlich verstärkte 5-FU-, Capecitabin- oder Tegafur-Toxizität erleiden. Allerdings kann nur ein Teil der Fälle der beobachteten Fälle von reduzierter DPYD-Enzymaktivität und 5-FU-Toxizität durch die bisher bekannten Polymorphismen erklärt werden und auch die Genotyp-Phänotyp-Korrelation ist nicht immer 100%ig. Durch den Ausschuss für Risikobewertung im Bereich der Pharmakovigilanz (PRAC) bei der Europäischen Arzneimittel-Agentur (EMA) wurde am 13. März 2020 die Empfehlung ausgesprochen, dass Patienten, die die oben genannten Medikamente bekommen sollen, präemptiv auf einen DPD-Mangel getestet werden sollen.

Präexpositionelle Abschätzung oder postexpositionelle Ursachenklärung der Toxizität einer Behandlung mit 5-Fluorouracil (5-FU), Capecitabin oder Tegafur.

Da es sich um hereditäre Veränderungen handelt, ist nach Gendiagnostikgesetz das schriftliche Einverständnis des Patienten erforderlich. Bitte unterschriebene Einverständniserklärung zur Durchführung von genetischen Untersuchungen und ggf. für weiterführende wissenschaftliche Untersuchungen beifügen. Diese Einverständniserklärung ist Bestandteil des Anforderungsscheins (Link).

Bei Nachweis einer der o.g. Polymorphismen in heterozygoter Form werden folgende Dosisreduktionen der genannten Medikamente empfohlen (PMID: 30348537):

• DPYD*2A -> Dosisreduktion um 50 %
• DPYD*13A -> Dosisreduktion um 50 %
• Polymorphismus c.2846A>T (rs67376798) -> Dosisreduktion um 25 %
• Haplotyp B3 -> Dosisreduktion um 25 %

Homozygote Anlageträger der beiden erstgenannten Varianten sollten keines der genannten Medikamente erhalten, da eine lebensbedrohliche Toxizität droht. 

nach Bedarf

Methodik:
Untersuchung der folgenden vier DPYD-Polymorphismen mittels allelespezifischer Amplifikationstechnologie (ARMS, Amplification Refractory Mutation System):

• DPYD*2A (c.1905+1G>A; IVS14+1G>A; rs3918290, „Exon-14-skipping“)
• DPYD*13A (c.1679T>G; rs55886062)
• Polymorphismus c.2846A>T (rs67376798)
• Haplotyp B3 (rs75750017182, c.1129-5923C>G; rs56038477, c.1236G>A; rs56276561, c483+18G>A)

keine Mutation nachweisbar

Chronische lymphatische Leukämie, akute myeloische Leukämie, Myelodysplastisches Syndrom, spezielle solide Tumorerkankungen

Tumormaterial (möglichst frisch und unfixiert, ggf. Formalin-fixiert), bei hämatologischen Neoplasien sollte das Material einen möglichst hohen Gehalt an maligenen Zellen haben.

Bitte unterschriebene Einverständniserklärung zur Durchführung von genetischen Untersuchungen und ggf. zur Aufbewahrung von Probenmaterial in einer Probenbank (Link) beifügen. Diese Einverständniserklärung ist auch Bestandteil der Anforderungsscheine (Link).

Das Tumorsuppressor-Protein p53 spielt eine zentrale Rolle als „guardian of the genome“. Zellulärer Streß, wie DNA-Schädigung, Onkogen-Aktivierung, Hypoxie o. a. führt zur Aktivierung von p53. Letztere führt dann zur Induktion verschiedener zellulärer Kontext-abhängiger Antworten, wie Apoptose-Induktion, Zellzyklusarrest, Seneszenz, etc. Bei vielen malignen Erkrankungen finden sich Mutationen im Gen TP53 auf Chromosom 17p13, das für p53 codiert. Bei chronischer lymphatischer Leukämie (CLL) gibt es besondere Therapieempfehlungen für  Patienten mit TP53-Mutationen. Eine molekulare Testung auf TP53-Mutationen sollte mit einer zytogenetischen (FISH)-Testung auf 17p-Deletion verbunden sein um damit eine mögliche TP53-Deletion zu erkennen (separate Einsendung in die Zytogenetik).

Das TP53-Gen umfasst 11 Exons, die für 393 Aminosäuren kodieren.
In den Exons 4-8 finden sich überwiegend (>80 %) missense-Mutationen (Aminosäure-Austausche).
In den übrigen Exons machen dagegen frameshift– und nonsense-Mutationen (Leserahmen-Verschiebungen, Stopcodons) etwa die Hälfte aller gefundenen Mutationen aus.
Die 10 bei Tumoren global am häufigsten mutierten Aminosäure-Positionen sind die folgenden (in absteigender ungefährer Häufigkeit): R248, R273, R175, G245, R282, R249, R213, Y220, C176, H179. Zusammen machen sie mehr als 95 % der gefundenen Mutationen aus und führen alle zu einer praktisch kompletten funktionellen Inaktivierung des TP53-Proteins.

Bei hämatologischen Erkrankungen (CLL, AML, B-NHL, …) finden sich TP53-Mutationen in etwa 5-10 % der Fälle.
Im Allgemeinen gelten TP53-Mutationen als prognostisch ungünstig.

Sequenzierung der Exons 2-11

Das Verfahren „Liquid Biopsy“ ermöglicht die Bestimmung tumorgenetischer Defekte durch die Analyse zellfreier, im peripheren Blut zirkulierender DNA, die aus dem Tumor freigesetzt wird und somit Rückschlüsse auf die genetische Landschaft des jeweiligen Tumors ermöglicht.

Die Methode wurde innerhalb von Labor Berlin für Patienten mit Prostatakarzinom validiert, eignet sich jedoch grundsätzlich auch für die Analyse bei Patienten / innen mit anderen Tumorentitäten.

Wichtige Hinweise:

A) Blutabnahme, Lagerung und Transport

Es ist von großer Bedeutung, dass eine ungewollte Freisetzung zellulärer DNA aus geschädigten und/oder absterbenden zirkulierenden Blutzellen vermieden wird. Daher bitte folgende Punkte beachten:

1. Die Abnahme des Blutes muss in spezielle Röhrchen, sog. Streck-Röhrchen, erfolgen (2 x 10 ml; diese Röhrchen können bei Bedarf bei Labor Berlin angefordert werden, E-Mail: einsenderbetreuung@laborberlin.com; Tel.: 030 – 40 50 26 – 800).

2. Bei der Blutentnahme langes Stauen vermeiden; Abnahme über möglichst große Kanüle, um Scherkräfte zu vermeiden.

3. Röhrchen nach der Abnahme vorsichtig 10 x invertieren, um eine komplette Durchmischung des Blutes mit dem Konservierungsstoff zu erreichen.

4. Lagerung und Transport bei Raumtemperatur, nicht kühlen und nicht einfrieren. Röhrchen gut gesichert und vorsichtig transportieren, um Erschütterungen und damit Zellschäden möglichst zu vermeiden (kein Transport per Rohrpost).

B) formale Aspekte

1. Bei dieser Methode handelt es sich nicht um eine Kassenleistung. Daher ist eine vorherige Klärung und Zusage der Kostenübernahme erforderlich. Die Untersuchung kann nur durchgeführt werden, wenn eine Kostenübernahme vorliegt. Gerne erstellen wir ein Angebot zur vorherigen Klärung durch den Kostenträger. Kostenvoranschläge können angefordert werden über die E-Mail-Adresse: tumorgenetik@laborberlin.com

2. Es ist eine vorherige Aufklärung und Einwilligung des Patienten / der Patientin nach Gendiagnostikgesetz (GenDG) erforderlich; Vordrucke sind abrufbar unter https://www.laborberlin.com/unsere-leistungen/anforderungsscheine/, in der Rubrik Hämatologie & Onkologie. 

TruSight Oncology 500 ctDNA v2 Assay, Illumina; NGS-basiertes Verfahren zur Erstellung eines genetischen Profils des jeweiligen Tumors aus zirkulierender zellfreier Tumor-DNA (cell-free DNA, cfDNA; circulating tumor DNA, ctDNA).

Bestimmung genetischer Aberrationen: Nachweis von single-nucleotide variants (SNV), multi-nucleotide variants (MNV), Insertionen / Deletionen, copy-numer variations (CNV), Gen-Rearrangements sowie tumor mutational burden (TMB) und Microsatelliten-Instabilität (MSI).

Die vollständige Genliste ist zu finden auf der Illumina Homepage unter: 
https://emea.illumina.com/products/by-type/clinical-research-products/trusight-oncology-500-ctdna.html.

Eine Durchführung im Labor erfolgt 1x Woche, die Dauer bis zur Ergebnisserstellung beträgt etwa 14 Tage.